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快試試全自動DNA凝膠回收，會有意想不到的收獲！
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作者:201321492800086
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發(fā)布時間: 583天前
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導(dǎo)讀
在進(jìn)行分子生物學(xué)實驗時，我們經(jīng)常從眾多的分子片段中篩選出目的片段的核酸，從而進(jìn)行后續(xù)的實驗研究。最經(jīng)典的方案是，使核酸在電場的作用下在瓊脂糖凝膠中發(fā)生分離，然后在紫外光的照射下切取目的片段處的凝膠，進(jìn)而純化回收核酸。從瓊脂糖凝膠中回收核酸，雖然是一項簡單常規(guī)實驗操作，但是也會存在很多因素影響膠回收的質(zhì)量( 回收產(chǎn)物的純度和濃度等)和DNA含量，進(jìn)而直接影響后續(xù)的一系列實驗的進(jìn)行，比如：PCR擴增、酶切連接、轉(zhuǎn)化篩選、測序、標(biāo)記乃至顯微注射等。因此DNA凝膠回收這一步的操作也顯得非常重要。
在載體構(gòu)建的過程中，無論是通過酶切還是PCR擴增方法獲得的目的片段，其中都可能會存在引物、非特異性擴增片段等干擾項。如下圖1實驗，分別采用全自動核酸片段回收系統(tǒng)和磁珠純化的方法去除非目標(biāo)片段，隨后進(jìn)行連接、轉(zhuǎn)染，實驗結(jié)果表明，采用全自動核酸片段回收系統(tǒng)，獲得的單克隆抗體的陽性率達(dá)到92%，磁珠純化的方法，獲得的單克隆抗體的陽性率只有29%。
在高通量測序文庫構(gòu)建過程中，打斷樣本及文庫樣本的片段篩選是非常重要的一步。如圖2所示，分布較為彌散的超聲打斷樣本經(jīng)過全自動核酸片段回收系統(tǒng)篩選回收后，可以精準(zhǔn)富集500-700bp的目的片段。如圖3所示，文庫樣本經(jīng)過回收后，可以完全去掉引物及接頭殘留，并去除文庫兩端的大片段和小片段，以保證獲得測序儀下機的高質(zhì)量數(shù)據(jù)。
圖2 打斷樣本回收前（紅色）后（藍(lán)色）對比
圖3 文庫樣本回收前（紅色）后（藍(lán)色）對比
在Nanopore三代測序中，文庫片段的篩選回收同樣是非常重要的一步。如下實驗，分別將經(jīng)過片段篩選回收和未進(jìn)行片段篩選的文庫樣本進(jìn)行上機測序。結(jié)果表明，同一樣本在相同時間內(nèi)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量相差20GB，且經(jīng)過片段篩選的樣本獲得的讀長更長，顯著提高了測序的效率。
在腫瘤研究或產(chǎn)前診斷方向，游離DNA一直是科研工作者重點關(guān)注的一類樣本。近年來許多研究表明ctDNA和cfDNA的片段長短存在差異，來自腫瘤/胎兒細(xì)胞的ctDNA比來自正常/母體細(xì)胞的cfDNA（~166 bp）更短，為132~145 bp。來自正常組織/器官的游離DNA數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了來自早期腫瘤、胎兒的游離DNA。基于此特性，在對游離DNA文庫上機測序前，通過全自動核酸回收系統(tǒng)對ctDNA文庫篩選富集，盡量減少cfDNA文庫占比，可以顯著提高ctDNA的信號值，得到更多有效數(shù)據(jù)。
圖5 游離DNA文庫樣本回收前（紅色）后（藍(lán)色）對比
與傳統(tǒng)的手動切膠回收相比，LightBench?全自動核酸電泳回收分析系統(tǒng)減少了繁瑣的凝膠制備、上樣、DNA電泳分離、目的條帶切割回收等操作步驟，可實現(xiàn)目的核酸片段的精準(zhǔn)回收，而且具有更高的回收率、準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。此外，該系統(tǒng)還兼具電泳分析和熒光濃度測定的功能。
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杭州厚澤生物科技有限公司于2013年成立，是一家集科學(xué)儀器、耗材、試劑的銷售、推廣和售后服務(wù)為一體的高科技生物企業(yè)。公司成立之初，致力推廣NGS質(zhì)檢的國產(chǎn)化儀器——Qsep全自動核酸蛋白分析系統(tǒng)，后與中國臺灣光鼎在江蘇成立合資公司江蘇光鼎，完成了NGS質(zhì)檢儀器國產(chǎn)化生產(chǎn)。又先后與多個著名生物技術(shù)產(chǎn)品制造商達(dá)成合作，提高了代理產(chǎn)品豐富度，建立了完整的產(chǎn)品體系與服務(wù)體系。
公司主要代理的品牌及產(chǎn)品包括：
1. Qsep系列全自動核酸蛋白分析系統(tǒng)
2. INB-D200 生物標(biāo)志物檢測分析儀
3. iCATCHER 12全自動核酸提取儀
4. Lightbench?全自動核酸電泳分析回收系統(tǒng)
5. EzMate自動移液工作站
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