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意義重大的 cfctDNA 樣本，你做好質(zhì)控了嗎？
來(lái)源:
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作者:201321492800086
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發(fā)布時(shí)間: 1102天前
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Qsep 系列全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng)
?游離 DNA（cell-free DNA，cfDNA）是一種血液或體液中游離于細(xì)胞之外的 DNA。在某些疾病或特殊狀態(tài)下，細(xì)胞也會(huì)釋放游離 DNA 入血，其中包括來(lái)源于腫瘤細(xì)胞的循環(huán)腫瘤 DNA（Circulating tumor DNA，ctDNA），來(lái)源于胎兒的 cfDNA 等。隨著有效的 cfDNA 分離技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展，cfDNA 用于疾病早期診斷、預(yù)后評(píng)估、療效監(jiān)測(cè)等方面的潛在價(jià)值受到越來(lái)越多的關(guān)注。檢測(cè)血漿或血清中 cfDNA 可視為一種"液體活檢"，有利于開(kāi)展各種相關(guān)診斷，并能避免有創(chuàng)的組織活檢。以血液為檢測(cè)標(biāo)本，使重復(fù)采集檢測(cè)樣本成為了可能，從而有利于對(duì)疾病的發(fā)展及腫瘤的治療過(guò)程進(jìn)行跟蹤監(jiān)測(cè)。
ctDNA 在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療中的應(yīng)用
有研究發(fā)現(xiàn)，Ⅳ 期癌癥患者的 ctDNA 濃度與Ⅰ期患者相比增加了 100 倍，表明血漿中 ctDNA 的濃度可能與腫瘤發(fā)展階段相關(guān)。而癌癥的早期干預(yù)可明顯改善患者生存質(zhì)量，研究顯示 82% Ⅳ 期癌癥患者檢測(cè)到 ctDNA，而Ⅰ期患者檢出率在 47%。
cfDNA 中的甲基化和核小體占有模式可以編碼組織特異性和細(xì)胞特異性信息。研究血漿中組織特異性甲基化信號(hào)，使每個(gè)組織對(duì)整個(gè) cfDNA 池的相對(duì)貢獻(xiàn)量子化，這使得今后通過(guò)測(cè)定組織特異性 ctDNA 來(lái)確定癌癥轉(zhuǎn)移擴(kuò)散部位或位點(diǎn)成為可能，即提示了來(lái)自液體活檢的原始組織信息可能有助于腫瘤定位。
無(wú)創(chuàng)性產(chǎn)前診斷
產(chǎn)前診斷是預(yù)防出生缺陷的主要干預(yù)措施之一。孕婦外周血中胎兒游離核酸的發(fā)現(xiàn)為無(wú)創(chuàng)性產(chǎn)前診斷及妊娠相關(guān)疾病提供了新的途徑。因胎兒游離核酸具有含量豐富、出現(xiàn)時(shí)間早且產(chǎn)后迅速清除等特點(diǎn)，更加適用于產(chǎn)前診斷，胎兒性別鑒定和 RHD 血型分型、孟德?tīng)柤膊?、異倍體檢測(cè)、妊娠合并癥方面的應(yīng)用。
游離核酸與自身免疫病、器官移植、腎癌和肝細(xì)胞肝癌等也有著密切關(guān)系。
盡管 ctDNA 與臨床表型的相關(guān)性已得到證實(shí)，但要提高其在臨床應(yīng)用的準(zhǔn)確性，仍需大規(guī)模人群隊(duì)列研究，而提高 cf/ctDNA 樣本的質(zhì)量是成功應(yīng)用的關(guān)鍵，因此對(duì) cf/ctDNA 的質(zhì)控非常重要。從血液中提取的 cf/ctDNA 濃度一般都極低，而且體積有限，傳統(tǒng)瓊脂糖電泳和常規(guī)儀器很難檢測(cè)到，更不用說(shuō)對(duì)樣本分子量大小及大片段污染的質(zhì)控。這時(shí)就需要一款專(zhuān)業(yè)且靈敏度高的核酸質(zhì)控儀器，而 Qsep 系列全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng)就是 cf/ctDNA 樣本質(zhì)控的不二選擇。
Qsep 系列全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng)憑借其高靈敏度 N1 卡夾，能輕松完成cf/ctDNA這類(lèi)極低濃度核酸樣本的質(zhì)控，且速度快，樣本需求量少。cf/ctDNA 樣本質(zhì)控最關(guān)鍵的兩個(gè)參數(shù)是分子量大小以及是否有大片段污染，而這兩個(gè)參數(shù)都能會(huì)在 Qsep 檢測(cè)結(jié)果中直接顯示，使樣本質(zhì)量的高低一目了然。
圖 1 Qsep 系列全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng)
實(shí)際案例
圖 2 0.07ng/ul cfDNA 質(zhì)控結(jié)果
圖2為Qsep設(shè)備上檢測(cè)的一個(gè)濃度只有 0.07ng/ul 的cfDNA 樣本。如圖所示，低濃度的cfDNA在Qsep儀器上能檢測(cè)到明顯的樣本峰，且同一樣品三次重復(fù)測(cè)試結(jié)果顯示峰形完全一致。
圖 3 不同質(zhì)量 cfDNA 樣本質(zhì)控結(jié)果
圖3是兩個(gè)不同質(zhì)量 cfDNA 樣本的質(zhì)控結(jié)果圖。從圖中可以看出樣本B的主峰明顯，且大于 1000bp 的部分基本沒(méi)有大片段殘留，是一個(gè)合格的 cfDNA 樣本；而樣本A 在大于 1000bp 的區(qū)域仍存在明顯的樣本峰，說(shuō)明該樣本有大片段污染，是一個(gè)不合格的 cfDNA 樣本。
